唐朝设天山县隶属西州。
清光緒十二年(1886年)托克逊划为吐鲁番直隶厅的西乡。
民国二十五年(1936年)设托克逊县隶焉耆行政区。
民国二十七年(1938年)改隶迪化行政區
1958—1969年由新疆维吾尔自治区直辖。
1970—1974年隶属乌鲁木齐市
1975年隶属于吐鲁番地区。县府驻托克逊镇
2003年,托克逊县总面积