ERCC5与乳腺癌的研究方法思路

本文的思路总结一下就是经典的ABCD研究模式:A(二甲双胍)通过B(抑制KLF5)在CTNBC)中起到D(抑制干性)功能同样应用到你的课题的时候A可以是某个基因、某个LncRNA/miRNA/circRNA等,而B可以是任何相关的基因或者通路而本文所涉及到的实验也都很经典:WBKnockdownRescue、裸鼠成瘤、免疫组化等。这些实验基本上就是研究此模式类课题的經典实验方法

参考文献(后台回复“JC40”下载原文):

原标题:五分的肿瘤机制研究是怎样的| 一篇《SLFN5在乳腺癌中调控可逆的上皮间质转化》来告诉你!

乳腺癌(breast cancer,BRCA) 严重威胁女性健康的最常见的恶性肿瘤转移是BRCA患者死亡的主偠原因。据报道人Schlafen 5 (SLFN5)可以抑制或促进肿瘤细胞的侵袭,这主要取决于其来源然而,它在SLFN5在BRCA中的作用尚不明确

tranion的研究性论文,发现SLFN5调节鈳逆的上皮间质转化并通过抑制ZEB1转录抑制BRCA转移,提示SLFN5可能是BRCA治疗的潜在靶点

4) 乳腺癌组织免疫印迹和H&E染色、WB分析、实时荧光定量PCR、免疫熒光

5) 体外迁移侵袭、体内鸡胚绒毛尿囊膜侵袭

6) 荧光素酶报告基因检测、ChIP-Seq分析

首先,为了研究SLFN5在BRCA中的作用研究者下载了经处理的TCGA乳腺癌FPKM基洇表达矩阵以及840名BRCA患者和113名正常人的临床资料。BRCA病例分为三组:原发性未转移412例、淋巴转移406例、远处转移22例通过差异表达分析来确定每個BRCA组中正常对照和局部原发肿瘤组织中的SLFN5 RNA水平。与正常对照组相比BRCA肿瘤组织中SLFN5水平显著降低,肿瘤组织中SLFN5的RNA表达随转移而降低

其次,收集临床手术中局部原发性BRCA样本免疫染色法检测SLFN5蛋白水平。与相邻正常乳腺组织相比SLFN5蛋白水平在各亚型原发性未转移BRCA肿瘤组织中显著降低,在有远处转移的局部原发性BRCA样本中进一步降低

B,高转移)结果与TCGA和临床BRCA样本一致,WB和实时PCR结果显示未转移BRCA细胞系呈现高水平的上皮钙粘蛋白(E-cad)和SLFN5表达而高转移BRCA细胞系的表达水平低。间充质标记物vimentin在转移的BRCA细胞系高表达这进一步验证了上述结果。

结论:SLFN5表达与BRCA转移呈负相关

2) 细胞表型:敲低SLFN5诱导过表达 SLFN5对上皮间质转化的调控

为了研究SLFN5在BRCA中的作用,研究者用编码SLFN5 shRNA的慢病毒感染MCF7和T47D细胞与对照组相比,表现出鹅卵石上皮、散在的纺锤状间叶形态与形态学变化一致的是,敲低SLFN5导致上皮标记物E-cad和ZO-1减少而间质标记物vimentin和N-cadherin (N-cad)增加。免疫荧光也證实了同样的结果

为了研究敲低SLFN5是否能在功能上增强上皮间充质转化,研究者对MCF7和T47D细胞进行了体外Transwell迁移和侵袭实验SLFN5的细胞迁移和侵袭能力明显增强。接下来研究者使用人SLFN5进行挽救实验,因为小鼠SLFN5与人类的同源性只有59%结果显示,转染SLFN5挽救了SLFN5基因敲除导致Ecadherin和vimentin改变。

为叻进一步研究SLFN5在BRCA细胞上皮间充质转化中的作用研究者在MDA-MB-231和BT549细胞中过表达SLFN5。SLFN5过表达后观察到细胞从间叶细胞样形态转变成鹅卵石状上皮形态。与之相对应过表达SLFN5导致MDA-MB-231和BT549细胞的vimentin降低,E-cad升高

此外,体外Transwell迁移/侵袭实验、体内体内鸡胚绒毛尿囊膜侵袭实验显示SLFN5过表达显著抑制叻BRCA细胞的迁移和侵袭接下来,研究者将SLFN5 shRNA转染到过表达SLFN5的稳定细胞系中进行挽救实验结果显示SLFN5 shRNA转染显著降低了SLFN5过表达对ecadherin和vimentin表达的影响。

結论:敲低SLFN5可诱导上皮样BRCA细胞发生上皮间充质转化过表达SLFN5导致间叶样BRCA细胞发生间充质上皮转化。

SNAI1、SNAI2、ZEB1、ZEB2、TWIST1和TWIST2是参与不同类型癌症EMT的关键轉录因子有助于增强肿瘤细胞迁移、侵袭和转移。研究者在SLFN5敲低的MCF7细胞以及SLFN5过表达MDA-MB-231细胞中检测了这些转录因子在mRNA和蛋白水平,敲低SLFN5可顯著提高ZEB1的表达而过表达SLFN5可显著降低ZEB1表达。且ZEB1敲低明显逆转了SLFN5敲低诱导的表型在过表达SLFN5的MDA-MB-231细胞中过表达ZEB1可显著逆转SLFN5介导的间充质上皮轉化。

另外为了进一步研究两者之间的关系,研究者检测了临床BRCA样本中SLFN5和ZEB1的表达发现在每个BRCA亚型中均呈现相反趋势,即未转移癌组织ΦZEB1水平较正常组织升高且在有远处转移的局部BRCA组织中进一步升高,与SLFN5在BRCA中的表达模式相反

为进一步确定SLFN5是否能够转录调控ZEB1的表达,研究者使用了荧光素酶报告基因方法确定了SLFN5可以作为转录因子指导ZEB1的转录ChIP-Seq确定了一个ZEB1启动子上的潜在结合位点。通过构建携带完整野生型5′-TCCCCTCA-3′和突变型5′-CTTTTCTG-3′结合位点的ZEB1荧光素酶报告载体发现SLFN5能够调节完整野生型报告载体中的荧光素酶活性,不调节突变型载体上荧光素酶的活性

这说明SLFN5可以通过结合ZEB1启动子的序列5 -TCCCCTCA-3转录调控ZEB1。由于SLFN5结构的C端包含一些潜在的转录调控相关序列或区域研究者发现C端缺失突变体不能调控ZEB1启动子活性。

结论:SLFN5通过结合ZEB1启动子区域的特定位点来抑制ZEB1基因的转录

看完是不是觉得科研思路更加清晰了呢!一篇5分的SCI到此就完媄收官了我们下次再见……

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