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关于种属鉴定、NCBI的BLAST比对和DNAMAN同源性分析的问题测得某DNA样本基因序列是ACCGCCTGCCCAGTGACACATGTTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCCTTAAATAGGGACCTGTATGAATGGCTCCACGAGGGTTCAGCTGTCTCTTACTTTTAACCAGTGAAATTGACCTGCCCGTGAAGAGGCGGGCATGACACAGCAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTTATTAATGCAAACAGTACCTAACAAACCCACAGGTCCTAAACTACCAAACCTGCATTAAAAATTTCGGTTGGGGCGACCTCGGAGCAGAACCCAACCTCCGAGCAGTACATGCTAAGACTTCACCAGTCAAAGCGAACTACTATACTCAATTGATCCAATAACTTGACCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCAACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCCGATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGT现在想鉴定是什么种属。是不是通过BLAST 序列比对，然后进行同源性分析？
vdgvgfng0009E
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ncbi主页 进入 blast 进入 nucleotide blast 将序列粘入窗口中 选择nucleotide cllection（nr/nt）选项 进行比对就可以了 出来的序列相似性最高的就是你的目的序列
这一步我基本已经会了。如果你能给我介绍下DNAMAN等分析软件就更好，有吗？
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年发现的人口腔细菌新种属简介
2013年第2期目录
&&&&&&本期共收录文章20篇
　　[摘要] 细菌是人口腔微生物的优势种群，不断有新的种属被发现和命名。本文介绍年从人口腔分离的5个新菌属和16个新菌种的主要生物学特性。 中国论文网 /6/view-4135251.htm　　[关键词] 新菌属； 新菌种； 人口腔 　　[中图分类号] R 780.2 [文献标志码] A [doi] 10.7518/hxkq. 　　细菌是人口腔内微生物的优势种群，与口腔健康和疾病密切相关。随着医学理论和技术的发展和完善，人口腔内不断有新的细菌种属被发现和命名，其在微生物系统内的分类位置也会发生变动。了解这些新的种属有助于全面了解口腔微生物的分类现状，对口腔基础和临床研究也具有重要意义。新的细菌种属被发现后，在《国际微生物分类进化学杂志》（International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology）上发表后才能被业界认可，本文即介绍年发表在该期刊上，从人口腔分离的5个新菌属和16个新菌种的主要生物学特性。 　　1 新菌属 　　1.1 锥形杆菌属（Pyramidobacter）（Downes，et al. 　　2009）[1] 　　命名：因在培养基上形成锥形样菌落而得名。 　　特性：革兰阴性杆菌，专性厌氧、无芽胞、无动力；蛋白胨-酵母提取物-葡萄糖（peptone yeast ex-tract glucose，PYG）肉汤培养物的主要终末代谢产物是乙酸、少量的异戊酸和痕迹量到少量的丙酸、异丁酸、琥珀酸、苯乙酸。 　　模式种：鱼腥味锥形杆菌（Pyramidobacter pisco-lens），DNA的G+C摩尔分数为59%，分离自人的口腔。 　　1.2 拟普雷沃菌属（Alloprevotella）（Downes，et al. 　　2012）[2] 　　命名：因与普雷沃菌有相似性而被命名为拟普雷沃菌属。 　　特性：革兰阴性杆菌，专性厌氧、无芽胞、无动力；发酵碳水化合物的终末代谢产物是乙酸和琥珀酸。 　　模式种：坦纳拟普雷沃菌（Alloprevotella tanne-rae），DNA的G+C摩尔分数为45%～47%，分离自人的口腔。 　　1.3 依赖杆菌属（Fretibacterium）（Vartoukian，et al. 　　2012）[3] 　　命名：因其良好的生长需要依靠助生菌，如具核梭杆菌，故被命名为依赖杆菌属。 　　特性：革兰阴性弯曲杆菌，专性厌氧、有动力；PYG肉汤培养物的主要终末代谢产物是乙酸和中等量的丙酸。 　　模式种：苛求依赖杆菌（Fretibacterium fastidio-sum），DNA的G+C摩尔分数为63%。 　　1.4 毛绒厌氧杆菌属（Lachnoanaerobaculum）（Hed- 　　berg，et al. 2012）[4] 　　命名：因专性厌氧且在培养基上形成毛绒样菌落而被命名为毛绒厌氧杆菌属。 　　特性：专性厌氧的芽胞杆菌，革兰染色阳性，但 　　易脱色而成革兰染色阴性；在血琼脂平板上，菌落外形为可变的斑点和扩散状，边缘为啮蚀状或须根状；在PYG肉汤培养物的主要终末代谢产物是乙酸和丁酸。 　　模式种：于默奥毛绒厌氧杆菌（Lachnoanaero- 　　baculum umeaense），菌种号为CCUG 58757T（DSM 23576T），DNA的G+C摩尔分数为35%～38%，分离自人的口腔、小肠、血和羊水。 　　1.5 口腔杆菌属（Stomatobaculum）（Sizova，et al. 　　2012）[5] 　　命名：因最初的分离处为口腔而得名口腔杆菌属，属毛螺菌科（family Lachnospiraceae）。 　　特性：革兰阳性长杆菌，严格厌氧、无动力、无芽胞；菌细胞大小为（0.5～0.8） μm×（4～40） μm，弯曲的丝状体可长达200 μm；主要的终末代谢产物是丁酸、乳酸、异戊酸和乙酸。 　　模式种：长口腔杆菌（Stomatobaculum longum）。 　　2 新菌种 　　2.1 鱼腥味锥形杆菌（Pyramidobacter piscolens）（Dow- 　　nes，et al. 2009）[1] 　　命名：因培养物有特别的鱼腥味而得名。 　　特性：革兰阴性杆菌，专性厌氧、无芽胞、无动力；菌细胞大小为（0.7～0.8） μm×（0.8～2.2） μm；在苛求厌氧琼脂（fastidious anaerobe agar，FAA）中厌氧培养7 d后，形成有明显的鱼腥味的锥体状菌落。 　　模式株：W5455T（DSM 21147T，CCUG 55836T），DNA的G+C摩尔分数为59%，分离自人口腔的牙源性脓肿。 　　2.2 口腔放线菌（Actinomyces oris）（Henssge，et al. 　　2009）[6] 　　命名：因分离自口腔得名为口腔放线菌；该菌种包括原先鉴定为内氏放线菌血清型Ⅱ、Ⅲ、NV，和黏性放线菌血清型Ⅱ的菌株。 　　特性：与内氏放线菌基因型Ⅱ型相同，通过atpA或metG基因序列检测可与其他相关菌种相鉴别。 　　模式株：ATCC 27044T（CCUG 34288T），DNA的G+C摩尔分数为66%，分离自人的痰液。 　　2.3 约翰森放线菌（Actinomyces johnsonii）（Henssge， 　　et al. 2009）[6] 　　命名：以美国分子分类学家John L. Johnson的名字命名为约翰森放线菌，以表彰他在口腔放线菌菌种遗传学关系方面进行的大量研究；该菌种包括原先鉴定为内氏放线菌血清型WVA 963型和内氏放线菌基因型WVA 963型的菌株。 　　特性：与内氏放线菌基因型WVA 963型（Johnson et al. 1990）相同，通过atpA或metG基因序列检测可与其他相关菌种相鉴别。 　　模式株：ATCC 49338T（CCUG 34287T），DNA的G+C摩尔分数为67%，分离自健康儿童的龈沟。 　　2.4 产酸丙酸杆菌（Propionibacterium acidifaciens） 　　（Downes and Wade. 2009）[7] 　　命名：因该菌种产生丙酸而得名产酸丙酸杆菌。 　　特性：革兰阳性杆菌，厌氧、无芽胞、无动力、多形态；细胞大小为（0.7～0.8） μm×（1.2～4） μm；在PYG肉汤培养基中的主要终末代谢产物是大量的丙酸和乙酸，以及中等量的琥珀酸。 　　模式株：C3M_31T（DSM 21887T，CCUG 57100T），DNA的G+C摩尔分数为70%，分离自人口腔的龋损部位。 　　2.5 彩虹普雷沃菌（Prevotella micans）（Downes，et 　　al. 2009）[8] 　　命名：因形成闪烁的彩虹样菌落而得名为彩虹普雷沃菌。 　　特性：革兰阴性杆菌，专性厌氧、无动力，可产生色素；菌细胞大小为0.7 μm×（1.5～5.0） μm；在FAA琼脂培养皿上培养5 d后，形成彩虹色菌落；在PYG肉汤培养物中的主要终末代谢产物是乙酸、异戊酸和琥珀酸，以及痕迹量到少量的异丁酸。 　　模式株：E 7.56T（DSM 21469T，CCUG 56105T），DNA的G+C摩尔分数为46%，分离自人的口腔。 　　2.6 桔红色普雷沃菌（Prevotella aurantiaca）（Saka- 　　moto，et al. 2010）[9] 　　命名：因产生桔红色菌落而得名。 　　特性：革兰阴性球杆菌，专性厌氧、无芽胞、无动力，可产生色素；菌细胞大小为（0.5～0.8） μm×1.6 μm或0.8 μm×（0.9～1.0） μm；在艾格森-盖克隆（Eggerth-Gagnon，EG）琼脂培养基上形成浅棕色到深棕色菌落；在PYG肉汤培养基中的主要终末代谢产物是乙酸、异戊酸和琥珀酸，以及很少量的异丁酸。 　　模式株：OMA 31T（JCM 15754T，CCUG 57723T），DNA的G+C摩尔分数为39.7%，分离自牙周炎患者的牙周袋。 　　2.7 解糖普雷沃菌（Prevotella saccharolytica）（Downes， 　　et al. 2010）[10] 　　命名：因具有酵解糖的特性而得名。 　　特性：革兰阴性杆菌，专性厌氧、无芽胞、无动力，不产生色素；菌细胞大小为（0.6～0.7） μm× 　　（0.9～5） μm；主要的终末代谢产物是中等量的乙酸 　　和琥珀酸。 　　模式株：D033B-12-2T（DSM 22473T，CCUG 　　57944T），DNA的G+C摩尔分数为44%，分离自人口腔的牙菌斑；在人口腔微生物组数据库的分类单元是781（http：//www.homd.org）。 　　2.8 深黑色普雷沃菌（Prevotella fusca）（Downes and 　　Wade. 2011）[11] 　　命名：因在培养基上形成深黑色菌落而得名。 　　特性：革兰阴性杆菌，专性厌氧、无芽胞、无动力；菌细胞大小为0.8 μm×（1.2～6.0） μm；在FAA培养皿上延长培养时间，菌落中央可形成深黄色到深褐色的色素；在PYG肉汤培养基中主要的终末代谢产物是琥珀酸、中等量的乙酸和少量的乳酸。 　　模式株：W1435T（DSM 22504T，CCUG 57946T），DNA的G+C摩尔分数为43%，分离自人口腔的龈下菌斑；在人口腔微生物组数据库的分类单元是782（http：//www.homd.org）。 　　2.9 靶心普雷沃菌（Prevotella scopos）（Downes and 　　Wade. 2011）[11] 　　命名：因模式株的成熟菌落形成标志性的靶心样菌落而得名靶心普雷沃菌。 　　特性：革兰阴性杆菌，专性厌氧、无芽胞、无动力，可产生色素；菌细胞大小为0.7 μm×（0.9～3.0） μm；在FAA培养皿上延长培养时间，菌落中央可见深褐色的色素，形成靶心样菌落；在PYG肉汤培养基中主要的终末代谢产物是琥珀酸、中等量的乙酸和痕迹量的异戊酸、乳酸。 　　模式株：W2052T（DSM 22613T，CCUG 57945T），DNA的G+C摩尔分数为41%，分离自人口腔种植体。 　　2.10 褐色类香味菌（Myroides phaeus）（Yan，et al. 　　2012）[12] 　　命名：因产生褐色菌落而得名褐色类香味菌。 　　特性：直杆菌，菌细胞大小为（0.4～0.5） μm× 　　（0.7～1.2） μm；在LB（Luria-Bertani）琼脂培养基上形成圆形、突起、边缘规则的黄色到褐色菌落。 　　模式株：MY15T（DSM 23313T，LMG 25566T）， 　　DNA的G+C摩尔分数为34.3%，分离自儿童的唾液。 　　2.11 韦格斯卡多维亚菌（Scardovia wiggsiae）（Dow- 　　nes，et al. 2011）[13] 　　命名：以美国微生物学家Lois Wiggs的名字命名，以表彰他在厌氧微生物学研究中的贡献。 　　特性：革兰阳性多形态杆菌，厌氧、无芽胞、无动力；菌细胞大小为（0.6～0.7） μm×（1.6～4） μm； 　　在FAA培养皿上培养7 d后，形成圆形，边缘完整，或边缘呈臼齿样、波浪形的不规则菌落；在PYG肉汤培养基中的主要终末代谢产物是乙酸和少量到中等量的乳酸。 　　模式株：C1A_55T（DSM 22547T，CCUG 58090T），DNA的G+C摩尔分数为55%，分离自人的口腔及其他临床样本；在人口腔微生物组数据库的分类编号是195（http：//www.homd.org）。 　　2.12 灰色拟普雷沃菌（Alloprevotella rava）（Downes， 　　et al. 2012）[2] 　　命名：因在血琼脂培养平板上形成灰色菌落而得名。 　　特性：革兰阴性杆菌，专性厌氧、无动力；细胞大小为（0.5～0.6） μm×（1.0～5.0） μm，偶而可长达 　　10 μm；在PYG肉汤培养基的终末代谢产物主要是琥珀酸和中等量的乙酸，在蛋白胨-酵母提取物（pep-tone yeast extract，PY）肉汤培养基中也可检出痕迹量到少量的异戊酸。 　　模式株：81/4-12T（DSM 22548T，CCUG 58091T），DNA的G+C摩尔分数为47%，分离自人的口腔；在人口腔微生物组数据库的分类单元是302（http：//www.homd.org）。 　　2.13 苛求依赖杆菌（Fretibacterium fastidiosum）（Var- 　　toukian，et al. 2012）[3] 　　命名：因对营养物的特殊要求而被命名为苛求依赖杆菌。 　　特性：革兰阴性弯曲杆菌，专性厌氧、有动力；菌细胞大小为（1.0～1.5） μm×（2.0～13.0） μm；PYG肉汤培养基中的主要终末代谢产物是乙酸和中等量的丙酸。 　　模式株：SGP1T（DSM 25557T，JCM 16858T）， 　　DNA的G+C摩尔分数为63%，分离自牙周炎患者的龈下菌斑。 　　2.14 口腔毛绒厌氧杆菌（Lachnoanaerobaculum orale） 　　（Hedberg，et al，2012）[4] 　　命名：因分离自口腔得名口腔毛绒厌氧杆菌。 　　特性：革兰阳性芽胞杆菌，专性厌氧；菌细胞大小5～20 μm，常呈聚集状；在血琼脂平板上的菌落呈扩散状，或形成中心为锥体状、边缘为须根状的球形菌落；主要终末代谢产物是丁酸、乙酸和乳酸。 　　模式株：N1（CCUG 60305T，DSM 24553T），DNA的G+C摩尔分数为38%，分离自健康青年人的唾液。 　　2.15 长口腔杆菌（Stomatobaculum longum）（Sizova， 　　et al. 2012）[5] 　　命名：因菌细胞为长长的形状而得名。 　　特性：革兰阳性长杆菌，严格厌氧、无动力、无芽胞；菌细胞大小为（0.5～0.8） μm×（4～40） μm，弯 　　曲的丝状体可长达200 μm；在基础厌氧培养基（BM）、胰化酪蛋白-酵母提取物（trypticase peptone yeast ex-tract，TY）培养基和胰化酪蛋白-葡萄糖-酵母提取物（trypticase peptone-glucose yeast extract，TYG）培养 　　基中可产生黑色素；主要的终末代谢产物是丁酸、乳酸、异戊酸和乙酸。 　　模式株：DSM 24645T（230HM-480），DNA的G+C摩尔分数为55.05%～55.3%，分离自人的龈下菌斑。 　　2.16 当别町韦荣菌（Veillonella tobetsuensis）（Mashi- 　　ma，et al. 2012）[14] 　　命名：因菌种分离自日本北海道当别町得名当别町韦荣菌。 　　特性：革兰阴性球菌，严格厌氧、无芽胞、无动力；菌细胞直径为（0.3～0.7） μm，可见旋涡形表 　　面；厌氧培养条件下的主要代谢终末产物是乙酸和丙酸；通过dnaK和rpoB基因序列分析，可与其他韦荣菌菌种相鉴别。 　　模式株：B16T（JCM 17976T，ATCC BAA-2400T），分离自健康成人的舌生物膜。 　　[参考文献] 　　[1] Downes J， Vartoukian SR， Dewhirst FE， et al. Pyramidobacter pis- 　　colens gen. nov.， sp. nov.， a member of the phylum ‘Synergistetes’ 　　isolated from the human oral cavity[J]. Int J Syst Evol Microbiol， 　　2009， 59（5）：972-980. 　　[2] Downes J， Dewhirst FE， Tanner AC， et al. Alloprevotella rava gen. 　　nov.， sp. nov.， isolated from the human oral cavity， and reclassifi- 　　cation of Prevotella tannerae（Moore， Johnson & Moore， 1994） as 　　Alloprevotella tannerae gen. nov.， comb. Nov.[J]. Int J Syst Evol 　　Microbiol， 2012. http：//ijs.sgmjournals.org/content/early// 　　ijs.0..long. 　　[3] Vartoukian SR， Downes J， Palmer RM， et al. Fretibacterium fas- 　　tidiosum gen. nov.， sp. nov.， isolated from the human oral cavity 　　[J]. Int J Syst Evol Microbiol， 2012. http：//ijs.sgmjournals.org/con- 　　tent/early//ijs.0..long. 　　[4] Hedberg ME， Moore ER， Svensson-Stadler L， et al. Lachnoanae- 　　robaculum gen. nov.， a new genus in the Lachnospiraceae： Cha- 　　racterization of Lachnoanaerobaculum umeaense gen.nov.， sp. nov.， 　　isolated from the human small intestine， and Lachnoanaerobacu- 　　lum orale sp. nov.， isolated from saliva， and reclassification of Eu- 　　bacteriumsaburreum（Prevot 1966） Holdeman and Moore 1970 as 　　Lachnoanaerobaculum saburreum comb. nov.[J]. Int J Syst Evol 　　Microbiol， 2012， 62（11）：. 　　[5] Sizova MV， Muller P， Panikov N， et al. Stomatobaculum longum 　　gen. nov.， sp. nov.， an obligately anaerobic bacterium from the hu- 　　man oral cavity[J]. Int J Syst Evol Microbiol， 2012. http：//ijs.sgm- 　　journals.org/content/early//ijs.0..long. 　　[6] Henssge U， Do T， Radford DR， et al. Emended description of Ac- 　　tinomyces naeslundii and descriptions of Actinomyces oris sp. nov. 　　and Actinomyces johnsonii sp. nov.， previously identified as Acti- 　　nomyces naeslundii genospecies 1， 2 and WVA 963[J]. Int J Syst 　　Evol Microbiol， 2009， 59（3）：509-516. 　　[7] Downes J， Wade WG. Propionibacterium acidifaciens sp. nov.， iso- 　　lated from the human mouth[J]. Int J Syst Evol Microbiol， 2009， 　　59（11）：. 　　[8] Downes J， Liu M， Kononen E， et al. Prevotella micans sp. nov.， 　　isolated from the human oral cavity[J]. Int J Syst Evol Microbiol， 　　2009， 59（4）：771-774. 　　[9] Sakamoto M， Suzuki N， Okamoto M. Prevotella aurantiaca sp. nov.， 　　isolated from the human oral cavity[J]. Int J Syst Evol Microbiol， 　　2010， 60（3）：500-503. 　　[10] Downes J， Tanner AC， Dewhirst FE， et al. Prevotella saccharoly- 　　tica sp. nov.， isolated from the human oral cavity[J]. Int J Syst 　　Evol Microbiol， 2010， 60（10）：. 　　[11] Downes J， Wade WG. Prevotella fusca sp. nov. and Prevotella 　　scopos sp. nov.， isolated from the human oral cavity[J]. Int J Syst 　　Evol Microbiol， 2011， 61（4）：854-858. 　　[12] Yan S， Zhao N， Zhang XH. Myroides phaeus sp. nov.， isolated 　　from human saliva， and emended descriptions of the genus My- 　　roides and the species Myroides profundi Zhang et al. 2009 and 　　Myroides marinus Cho et al. 2011[J]. Int J Syst Evol Microbiol， 　　2012， 62（4）：770-775. 　　[13] Downes J， Mantzourani M， Beighton D， et al. Scardovia wiggsiae 　　sp. nov.， isolated from the human oral cavity and clinical material， 　　and emended descriptions of the genus Scardovia and Scardovia 　　inopinata[J]. Int J Syst Evol Microbiol， 2011， 61（1）：25-29. 　　[14] Mashima I， Kamaguchi A， Miyakawa H， et al. Veillonella tobet- 　　suensis sp. nov.， a novel anaerobic， gram-negative coccus isolated 　　from human tongue biofilm[J]. Int J Syst Evol Microbiol， 2012. http： 　　//ijs.sgmjournals.org/content/early//ijs.0..long. 　　（本文编辑 吴爱华）
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